Proses pengolahan susu yang sangat penting setelah pemerahan adalah proses pendinginan. Proses pendinginan susu digunakan untuk menghambat perkembangbiakan mikrobia. Susu didinginkan dari suhu kamar sampai 4 °C. Umumnya proses ini dilakukan secara batch pada instalasi di koperasi susu. Dalam penelitian ini, disimulasikan sistem pengendalian suhu susu secara kontinu. Model sistem diperoleh dari penurunan neraca massa dan panas. Hasil simulasi kemudian diidentifikasi dengan menggunakan System Identification Toolbox pada Matlab. System Identification Toolbox digunakan untuk menyusun model matematis dari sistem dinamis berdasarkan data input dan output yang diukur. Hasil identifikasi sistem berguna untuk penyetelan pengendali maupun analisis kestabilan. Sistem pendinginan susu kemudian dikendalikan dengan Proportional Intergral (PI) Control. Metode penyetelan yang dianalisis ada dua macam yaitu metode Hagglund-Astorm dan metode Tyreus-Luyben. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa kinerja pengendali yang disetel menggunakan metode Tyreus-Luyben lebih baik dibandingkan dengan metode Hagglund-Astorm dilihat dari kriteria SSE nya.