Pengujian Kelayakan Penanda Genetik Mikrosatelit dan RAPD untuk Uji Keseragaman Empat Galur Tetua Hibrida Mentimun (Cucumis sativus L.)

Abstract

Penggunaan penanda mikrosatelit (SSR) dan RAPD diuji coba kemungkinannya dalam pengujian keseragaman. Keseragaman dalam pola penanda SSR dan RAPD diperbandingkan dengan keseragaman karakter morfologi pada empat galur tetua mentimun (Cucumis sativus) yang masing-masing diberi kode 1002-A, 1002-B, 1007-A, dan 1007-B. Dua puluh individu dari setiap galur diamati 26 karakter morfologinya. Profil penanda RAPD dilihat terhadap 18 primer acak dan sebelas pasang primer penanda mikrosatelit.

Keseragaman karakter morfologi sangat tinggi untuk keempat kelompok tetua dan hanya dua karakter yang menunjukkan keseragaman 95%. Di sisi lain, penanda-penanda mikrosatelit menunjukkan keragaman yang agak tinggi sampai sangat rendah. Dapat disimpulkan bahwa penanda mikrosatelit yang berkeragaman rendah, sehingga relevan bagi pengujian keseragaman material ini, adalah CSJCT14, CSJCT252, SSR16301, SSR20354, dan SSR23148. Pengujian menggunakan penanda RAPD menghasilkan lokus-lokus yang relevan bagi pengujian keseragaman adalah OPP14, OPP15, OPQ09, OPR19, OPS13, , dan OPT12 .Sebagai simpulan umum, tidak ada perbedaan nyata yang ditemukan antara lokus SSR yang terpilih dan karakter morfologi. Penanda SSR yang telah diverifikasi dapat digunakan untuk menguji keseragaman pada mentimun. Penanda RAPD perlu dikaji ulang penggunaannya dalam pengujian keseragaman karena menunjukkan hasil yang berbeda dengan penanda morfologi.